Copa Sudamericana

2004 | Eliminó por penales a San Lorenzo en octavos y a Cerro Porteño de Paraguay en cuartos. En la semifinal superó holgadamente a Internacional de Porto Alegre, y en la final se enfrentó con Bolívar, de La Paz. En la ida perdió uno a cero en los 3600 metros de altura del Hernando Siles y en la revancha, en la Bombonera, lo venció por dos a cero con goles de Martín Palermo y Carlos Tévez.

2005 | Simultáneamente al Apertura se llevó otro título internacional. Alfio Basile decidió poner al equipo titular en ambas competencias y le salió muy bien. Fueron pasando Cerro Porteño, Internacional de Porto Alegre y Universidad Católica de Chile, hasta que se encontró en la final con los Pumas de México. En el Azteca empató uno a uno con gol de Rodrigo Palacio, y en la Bombonera iba ganando por uno a cero con gol de Martín Palermo, pero más tarde lo igualaron. En la definición por penales Roberto Abbondanzieri atajó dos y ejecutó el que le sirvió a Boca para ganar tres títulos en un semestre.